由於杏仁酸的化學結構式類似抗生素，對於大腸桿菌、鏈球菌、厭氧桿菌都有良好的抗菌效果，因此在早期杏仁酸主要是被應用在於治療泌尿道感染的問題上。

　　獨特的酸鹼特質

杏仁酸的pka值為3.41而果酸的pka值為3.83，看似差異不大！其實還到原始定義來說，pka是指此物質它本身有多酸，而pH值則是除了考慮物質本身的酸度以外，尚要顧及它溶於水中的濃度等其他因素；所以若設定在相同濃度的條件之下，果酸的氫離子濃度約為0.000135、杏仁酸的氫離子濃度0.000389，也就是說兩相比較之下，杏仁酸本身的酸度作用幾乎是果酸的3倍強。

　　良好的溫和特點

杏仁酸的分子量152.14 Dalton，比一般常用的甘醇酸76 Dalton要大上2倍多。且是目前唯一帶有苯環形式的親脂性果酸，與皮膚親和力最高。所以深入皮膚產生作用時，不會迅速觸及痛覺受器，逾越疼痛閥值界線，更具備已知良好的殺菌能力，防止發炎細菌感染，所以對於肌膚的感受是較為溫和不刺激，且不產生紅腫現象。

　　類似的美白作用機轉

杏仁酸與酪胺酸及對苯二酚也都具有相似的結構，所以一樣具有替代tyrosine之效能，並對抑制tyrosinase的活性，具有良好的功效。